Outre de nombreux ouvrages d'érudition concernant la médecine, Rabelais écrivit.:

1532 Les horribles et espouventables faitz et prouesses du très renommé Pantagruel, roi des Dipsodes, fils du grand géant Gargantua.

Rabelais signe l'ouvrage de l'anagramme de son nom : Alcofribas Nasier

La formation intellectuelle de Rabelais fut brutalement troublée, en 1523, par la décision de la Sorbonne d'interdire l'enseignement du grec : la puissante Faculté de Théologie de Paris redoutait que les travaux des hellénistes ne conduisent à contester la valeur de la traduction latine du texte grec des Evangiles : la Vulgate. Les livres grecs de Rabelais furent confisqués... Rabelais s'efforça de trouver un autre couvent, plus ouvert à l'Humanisme, et entra au couvent des Bénédictins de Saint-Pierre-de-Maillezais, dont l'abbé Geoffroy d'Estissac était un homme dont les sympathies allaient à l'Humanisme; c'est grâce à son appui que Rabelais obtint du pape l'autorisation de changer d'ordre religieux.
Devenu le secrétaire de Geoffroy d'Estissac, évêque du diocèse de Maillezais, il voyagea à travers le Poitou; il est probable qu'il eut, en outre, la charge de précepteur du neveu de Geoffroy d'Estissac.
En 1528, Rabelais quitta le Poitou et continua sa formation en suivant les cours de plusieurs grandes universités : Paris, puis Bordeaux, Toulouse, Orléans, Bourges; en 1530, il s'inscrivit à la Faculté de médecine de Montpellier, et y acquit très rapidement et très brillamment le grade de bachelier en médecine en commentant le texte grec des traités médicaux d'Hippocrate et de Galien. Il demeura quelque temps à Montpellier, puis s'installa à Lyon où il publia en l532 une édition de l'ouvrage d'Hippocrate qu'il avait commenté à Montpellier.
Il fréquenta les principaux humanistes, Erasme, Etienne Dolet, etc. ou correspondit avec eux.
En novembre 1532, il fut nommé médecin de l'Hôtel Dieu, à Lyon; il s'amusa pendant les rares moments de loisir que lui laissaient ses responsabilités médicales, à rédiger le Pantagruel, qui fut publié à la fin de 1532.
En octobre 1533, la Sorbonne citait cet ouvrage parmi les livres qu'elle condamnait comme obscènes...
En 1534 et 1535, Rabelais fit deux séjours à Rome comme médecin personnel de l'évêque de Paris, Jean du Bellay, qui avait été chargé d'une mission diplomatique auprès du pape. Au retour du premier voyage, il publia Gargantua. Cette publication coïncida malheureusement avec l'Affaire des Placards : dans la nuit du 17 au 18 octobre 1534, des affiches contre la messe, contre le pape, furent placardées à Paris, dans plusieurs autres villes et, à Amboise, jusque sur la porte de la chambre du Roi... Les idées nouvelles se trouvaient ainsi compromises, puisqu'associées à une attitude politiquement provocatrice. Les théologiens de la Sorbonne reprirent suffisamment d'influence pour que Rabelais, qui se moquait d'eux dans le Gargantua, jugeât plus prudent de quitter Lyon...
Au cours du second voyage à Rome, il régularisa une nouvelle fois ce qu'avait d'irrégulier sa situation religieuse : pour exercer la médecine, il avait quitté l'habit bénédictin pour prendre celui du clergé séculier.
En 1537, il retourna à Montpellier, y obtint licence et doctorat en médecine. A Lyon, il exerça et enseigna la médecine, faisant des cours publics d'anatomie, où il lui arrivait de disséquer des cadavres humains, pratique qu'à cette époque l'Eglise interdisait... En 1545, Rabelais fit publier le Tiers Livre. Il le dédia à Marguerite de Navarre, protectrice des humanistes et évita soigneusement toute attaque directe de la Sorbonne. Malgré ces précautions, le livre fut condamné.
Rabelais, inquiet, se réfugia à Metz, ville d'Empire à cette époque, et y gagna sa vie comme secrétaire de la ville.
Il repartit une nouvelle fois en Italie en 1548, toujours comme médecin particulier du Cardinal Jean du Bellay. Il y resta 2 ans, puis revint en France, son existence matérielle assurée par le revenu des cures que lui avait confiées le Cardinal. Rabelais fut ainsi curé de Meudon...
Il acheva le Quart Livre, où il prenait énergiquement parti pour les thèses gallicanes et soutenait le Roi Henri II en conflit avec le pape Jules III.. Mais lorsque le livre parut, en 1552, un accord était intervenu entre le roi et le pape. La Sorbonne condamna le livre et sa vente fut interdite par le Parlement. Il est probable que Rabelais fit un court séjour en prison.
Les dernières années de Rabelais sont mal connues. On sait qu'il mourut à Paris en 1553.